Il consumo di frutta prima, dopo o lontano dai pasti ed eventuali effetti indesiderati è altamente soggettivo. Non esistono studi conclusivi a riguardo e quindi, l'unico consiglio che si può dare è quello di provare e valutare soggettivamene.
Per inciso, la frutta non può assolutamente fermentare nello stomaco, semmai, se accade, avviene a livello intestinale.
L'associazione tra proteine diverse è un luogo comune duro a morire, nato dalla vecchia scuola anglosassone; l'apparato digerente umano è perfettamente in grado di assimilare proteine derivanti dalle fonti più disparate, a meno di problemi soggettivi che andrebbero indagati.

siamo attorno ad un 14% di proteine per la pasta.
Ma c'è anche un valore effettivo, un moltiplicatore che va applicato, e riguarda la qualità delle proteine.

Per le proteine delle uova questo è 1 (sono cellule staminali ad alto valore proteico), mentre per le proteine contenute nei carboidrati è di 0,3 circa, vale a dire che i valore corrispondente è molto più basso.

Da profano dico che per chi fa sport e consuma energie è molto megli limitare le proteine, mentre per chi ha una vita più sedentaria è megli aumentare le proteine (ma diminuire le calorie totali!!!)

Mangiare la frutta lontano dai pasti, o meglio prima puttosto che a chiusura, è meglio perchè si assimila meglio il valore nutrizionale della frutta, la quale veramente fermenta nello stomaco, solo che se mangiata a stomaco vuoto non fa danni. Inoltre, le sue fibre se ingerite prima preparano l'intestino per ciò che viene dopo. Inoltre, non sono carboidrati e proteine che non andrebbero mischiati, bensì proteine di divero genere (carne e legumi, carne e formaggi).
Insomma, anche i luoghi comuni vanno citati per bene :-)